Jonatan Maidana tendría decidido volver a la Argentina, luego de haber jugado los últimos dos años en Toluca, y las alternativas más firmes serían River y Estudiantes. Por eso, en Planeta Gol repasaron todos sus goles con el Millonario.
El defensor oriundo de Adrogué surgió de las divisiones inferiores de Los Andes, debutando en la Primera B Nacional al final del torneo 2003/04, cuando el Milrayitas perdió la categoría. La temporada siguiente disputó el torneo de Primera B y fue convocado por Francisco Ferraro para jugar la Copa Mundial Sub-20.
Ese mismo año, fue adquirido por Boca cuando el entrenador era Alfio Basile. Luego, de la mano de Ricardo La Volpe tuvo más continuidad en el primer equipo de Boca, desempeñándose como lateral izquierdo o central. En total ganó 5 títulos en el club de la Ribera: la Recopa Sudamericana en el 2008, el Torneo Clausura en el 2006, la Recopa Sudamericana en el 2006, la Copa Libertadores de América en el 2007 y el Torneo Apertura en el 2008.
Del Xeneize emigró hacia el exótico fútbol de Ucrania, para vestir los colores del Metalist Kharkiv en donde no mostró su mejor nivel y, en el 2010, regresó a la Argentina para sumarse al, en ese momento, campeón del fútbol argentino, Banfield. En el Taladro concretó un gran torneo, lo que le permitió una nueva chance en un grande del fútbol nacional, River.
El chino, como se lo apoda, defendió los colores de La Banda en 270 partidos entre 2010 y 2018, ciclo en donde convirtió ocho goles y cosechó once titulos: un torneo local, Copas Argentinas, 1 Copa Campeonato, 1 Supercopa Argentina, 2 Copas Libertadores, 2 Recopas Sudamericanas, 1 Copa Sudamericana y una Suruga Bank.
Finalmente, en 2019 llegó al Toluca de México en condición de libre en busca de mayor tranquilidad. Sin embargo, ya con 36 años y luego de dos años en Los Xolos, a Maidana le tentaría un nuevo desafío con la camiseta del conjunto de Núñez, aunque el zaguero ya habría mantenido varias charlas con Juan Sebastián Verón y las negociaciones con Estudiantes estarían avanzadas.